Центральный аппарат Министерства

1. Руководство (Министр, Первый заместитель Министра, двое Заместителей Министра)
2. Главное управление водно-энергетической политики
3. Управление водно-энергетической политики, развития науки и техники
4. Управление инвестиции
5. Управление экономики и прогнозирования
6. Управление электроэнергетики
7. Управление по добыче, переработке и поставки нефти и газа
8. Управление водных ресурсов
9. Управление делами
10. Правовое управление
11. Управление международных отношений
12. Отдел бухгалтерского учета и отчетности
13. Сектор лицензирования
14. Сектор секретариата
15. Сектор кадров и специальной части